ちょろーっとしか読んでいませんが、コラムとして書かれている「ホームディレクトリについて」というのに惹かれました。以下、抜粋です:

「.」から始まる設定ファイル以外のファイルはホームディレクトリ直下に置かない

ダウンロードしたソースアーカイブを配置するsrcディレクトリがある

リポジトリは個別にディレクトリを作る

一時ファイル・ディレクトリtmpを用意する。しかもcrontabを使って定期的に消去していればモアベター

作業用ディレクトリ「works」があり、その下に案件ごとのサブディレクトリが存在する

やってみよう。